عند رغبة المتقدم الترشيح على اختصاص علمي ولكن الخلفية العلمية لاخر شهادة لا تتطابق مع الخلفيات العلمية المحددة من قبل جامعة بابل لمثل هذا الاختصاص, سيقوم النظام تلقائياً بمنع اكمال طلب التقديم وذلك بسبب الحاجة لمقاصة علمية.
يستطيع المتقدم معرفة جميع الكليات والاقسام العلمية التي توفر اختصاص مرغوب وذلك خلال الخطوة الثالثة في عملية التقديم. بعد تحديد الكلية التي يرغب المتقدم الالتحاق بها لدراسة الاختصاص المرغوب, يستطيع زيارة عمادة الكلية او سكرتارية القسم وتقديم طلب مقاصة علمية. المقاصة هي الية تسمح للجنة مختصة في احد اقسام و/او كليات الجامعة بالاطلاع على تفاصيل الدراسات السابقة لمتقدم ما, وتحديد فيما يمكن ان يكون اختصاص الدراسة السابق مقارب للاختصاص العلمي الذي يرغب المتقدم بالترشح اليه. يقوم اعضاء اللجنة بالاطلاع على المواد الدراسية لاخر شهادة خلال المقاصة, في حال كان الاختصاصان متقاربين, ستقوم اللجنة بكتابة محضر مقاصة يوضح ان المتقدم يمكن ان يكمل عملية التقديم على الاختصاص المرغوب, اما في حال عدم وجود مقاربة لن يتمكن المتقدم من اكمال التقديم على مثل هكذا اختصاص وفيه هذه الحالة ننصح المتقدم باعادة النظر للدراسة في جامعات اخرى.
عند تحقق المقاصة, سيتم تزويد المتقدم بكتاب رسمي يحمل رقم وتاريخ, يكون الكتاب معنون من عمادة الكلية التي اجرت المقاصة الى قسم الدراسات العليا في جامعة بابل. يسمح هذا النظام للمتقدم بمتابعة عملية التقديم بعد تحديد خيار "احتاج مقاصة ولدي كتاب تأييد" وبعد ادخال رقم وتاريخ الكتاب سيتم اعادة التوجيه الى الخطوة الرابعة من عملية التقديم والتي سنطلب فيها تحميل نسخة من كتاب المقاصة بشكل ملف PDF. لاجراء عملية مقاصة في احد اقسام او كليات الجامعة حتماً ستحتاج الى وثيقة تخرج بالدرجات والتي توضح جميع المواد التي تم دراستها سابقاً, لذا ان لم تكن تمتلك مثل هذه الوثيقة (Transcript) لن تتمكن من اجراء عملية مقاصة.
بالعادة تكون فترة التقديم على الدراسات العليا 30 يوماً, ان اكتشفت انك تحتاج لمقاصة علمية خلال اخر اسبوع من التقديم ننصحك بالاسراع في تقديم طلب المقاصة, او التقديم في جامعات اخرى توفر دراسات عليا للاختصاص الذي ترغب اكمال الدراسة فيه وذلك لان لجنة المقاصة قد تستغرق 5 ايام او اكثر للتوصل الى قرار المقاصة, ذلك يكون اما بسبب العطل الرسمية وعطل نهاية الاسبوع, او بسبب الزخم الكبير اثناء التقديم على الدراسات العليا.